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Bioécologie

Articles avec #theses - post-doc - emploi - bourse

Postdoc in Evolutionary Genetics

29 Août 2016,

Publié par Bioécologie

A postdoctoral research position is available to work on a newly funded ERC project to Peter Keightley (Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh, UK) and Diethard Tautz (Max Planck Institute for Evolutionary Biology, Ploen, Germany) 'DENOVOMUT - An integrated approach to understanding the impact of de novo mutations on the mammalian genome'.

We are looking for a Postdoc interested in working in two areas of evolutionary genomics:

1. The causes of variation in nucleotide diversity across the genome within populations and between species, including populations of wild mice and related species as model mammalian systems.

2. To characterize and quantify the spontaneous mutation process in murid rodents by genome sequencing of related individuals recently sampled from the wild.

There will also be the opportunity to work on another related component of the project, the long term consequences of spontaneous mutation for quantitative, life history and behavioural traits and for genomic variation in highly replicated spontaneous mutation accumulation experiments with inbred mouse lines.

Applicants should have or will shortly obtain a PhD in a relevant subject, which could be population genetics, evolutionary genetics, molecular evolution or quantitative genetics.

Within the project, there will be opportunities to develop independent lines of research related to evolutionary genomics with a view to establishment as an independent investigator. The grant includes substantial funds for computing, sequencing and to attend international conferences. There will be opportunities to travel to the Max Planck Institute in Ploen to collaborate with colleagues there. The position is for 3 years from 1st January 2017 and can be extended for a further 2 years.

To apply, go to http://www.ed.ac.uk/human-resources/jobs and search for vacancy 036954. Closing date for applications 9th September 2016.

For informal enquiries, contact peter.keightley@ed.ac.uk
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Offre de doctorat: Rôle des Étangs sur le devenir des Pesticides d'OrigiNeS agricoles et sur la qualité des cours d'Eau de têtes de bassins versants

23 Juin 2016,

Publié par Bioécologie

La lutte contre la contamination de la ressource en eau par les produits phytosanitaires constitue un enjeu majeur. Cette contamination est susceptible d’être présente dès les premiers kilomètres de linéaire de cours d’eau lorsque le bassin versant (BV) est agricole.

En Lorraine, de nombreux étangs piscicoles de barrage sont localisés en tête de BV. Ces plans d’eau ont pour effet direct de rompre le continuum écologique. Leur impact sur la qualité de l’eau a fait l’objet de peu d’étude et demeure largement mal connu. Les travaux réalisés à ce jour ont mis en évidence que selon les pratiques piscicoles, la vidange peut constituer une phase d’exportation importante de nutriments alors qu’une rétention peut être espérée au cours de la phase de production de poisson. Suite à ces travaux, de bonnes pratiques de gestion (ex. ne pas évacuer l’eau durant le passage des filets, ne pas laisser les sédiments exondés lors de fortes précipitations) ont été recommandées aux producteurs. De la même manière, il a été observé durant les périodes d’épandage de pesticides sur le BV amont, une réduction des concentrations (transport dissous) en molécules mères dans le cours d’eau en aval des étangs.

Au regard de ces résultats, il s’avère nécessaire :

- de quantifier l’impact des étangs sur les flux dissous mais aussi particulaires de pesticides ;

- d’évaluer si la réduction des concentrations en aval des étangs se traduit par le rejet de métabolites ou une véritable rétention/dégradation des pesticides au sein des plans d’eau ;

- d’apprécier la rétention de phytosanitaires dans le compartiment sédimentaire (afin d’anticiper et quantifier les rejets potentiels de phytosanitaires durant les vidanges et de préconiser les pratiques de gestion favorables à la préservation des cours d’eau en aval) ;

- d’apprécier l’accumulation dans la chair du poisson afin de déterminer les pratiques piscicoles favorables à la production de poisson de qualité (voire labélisé « Bio ») et la préservation des masses d’eau.

A partir des précédents travaux et appuyé sur les données bibliographiques, nous avons ainsi établi une liste de pesticides d’intérêt et de métabolites potentiellement formés. Après avoir finalisé le développement des méthodes analytiques nécessaires au suivi des matrices eaux, particulaires, sédimentaires et poissons, les flux entrants et sortants d'étangs seront étudiés durant la totalité d'un cycle annuel d'exploitation piscicole. Les sédiments seront échantillonnés afin de déterminer les périodes d'accumulation ou de relargage par la matrice sédimentaire. Afin de s'assurer de la sécurité sanitaire du poisson produit et d'apprécier les liens entre qualité du milieu et du biote, l'accumulation dans la chair de poisson sera suivie.

L’ensemble des résultats obtenus devrait permettre :

- de déterminer l'occurrence de pesticides et de leur métabolites en tête de bassin versant agricole ;

- d'apprécier les flux dissous et particulaires de ces molécules au cours d'un cycle annuel ;

- d'apprécier l’accumulation de produits phytosanitaires dans les matrices sédimentaires afin d’anticiper les risques de rejets vers l’aval et de préconiser des pratiques de gestion minimisant l’impact sur l’aval ;

- d’évaluer l'accumulation de pesticides dans le poisson afin de déterminer les pratiques favorables à une bonne qualité sanitaire du poisson et à la préservation du milieu ;

- établir en plans d’eau les liens entre contaminations des matrices abiotiques (c.-à-d. eau, sédiments, particules) et matrices biotiques (poisson).

Précisions sur le déroulement du travail de thèse : Le financement de la bourse de thèse sera assuré par l’ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail) et l’AERM (Agence de l’Eau Rhin Meuse). Durant la totalité du projet, le candidat sera amené à collaborer au sein d’un réseau développé dans le cadre des précédentes études. Ce réseau intègre les membres des trois structures porteuses de ce projet (ANSES, AERM, Univ. Lorraine), des partenaires académiques (Univ. Reims, ISA Lyon, etc) ainsi que les professionnels du monde agricole et piscicole. Selon les disponibilités du candidat, le contrat débutera fin 2016 ou début 2017. Un important travail sera mené sur le terrain (étangs) et complété par des expérimentations en laboratoire (structures expérimentales). La thèse s’intègrera au sein de l’équipe « Micropolluants et Résidus dans la Chaîne Alimentaire » de l’URAFPA.

Compétences attendues du candidat : Le candidat devra posséder de bonnes aptitudes au travail de terrain et de laboratoire. La connaissance du fonctionnement des écosystèmes aquatiques sera appréciée. Il disposera en outre de solides compétences organisationnelles et sera autonome dans les tâches à réaliser. Une bonne maîtrise de l’anglais est également indispensable à la valorisation scientifique des résultats dans les revues et les congrès internationaux. Le candidat devra être également titulaire du permis B et disposer d’un véhicule.

Dossier de candidature :

Les dossiers (CV + lettre de motivation + noms de 2 personnes référentes) sont à envoyer dès à présent à damien.banas@univ-lorraine.fr.

Offre de doctorat: Rôle des Étangs sur le devenir des Pesticides d'OrigiNeS agricoles et sur la qualité des cours d'Eau de têtes de bassins versants

30 Wildlife Research Grants You Should Be Applying for This Summer

25 Mai 2016,

Publié par Bioécologie

Wildlife scientists around the world are gearing up for the fast-approaching summer field season and the chance to collect valuable data. Sound familiar? Whether you’re prepping for the field or spending your summer in the lab, Instrumentl’s got you covered when it comes to research funding.

We’re thrilled to announce the release of our favorite wildlife grants due over the summer: anyone can apply, and we even review each and every application for free! That way, you never have to worry about accidentally submitting an incomplete application, one of the top reasons proposals are rejected by funders.

Read more about each grant here

30 Wildlife Research Grants You Should Be Applying for This Summer

Offre de doctorat (2016-2019) : Solutions intégrées (hydrométallurgie, phytomanagement) pour la valorisation de laitiers sidérurgiques

18 Mai 2016,

Publié par Bioécologie

École Doctorale SIS 486, École Nationale Supérieure des Mines de Saint-Etienne (EMSE), Centre "Sciences des Processus Industriels et Naturels" (SPIN), Département "Géosciences et Environnement" (GSE)

Description du sujet

Les quantités de laitiers sidérurgiques produites et les stocks disponibles sont considérables. La gestion de ces coproduits nécessite de trouver une solution quant à leur devenir qui soit satisfaisante tant d’un point de vue environnemental qu’économique. La recherche vise à proposer une solution intégrée, durable, répondant à l’ensemble de cette problématique.

Elle inclut le développement d’un procédé hydrométallurgique de récupération des métaux par voie basique et l’évaluation des méthodologies de phytostabilisation, déjà expérimentées sur les laitiers eux-mêmes, pour les résidus secondaires issus de ce traitement. Le concept de solution intégrée reposera également sur le contrôle des impacts environnementaux et/ou l’étude de l’éco-compatibilité durable.

Du point de vue de la technologie et des applications potentielles, l’objectif principal consiste à développer une méthodologie pour évaluer le rôle des plantes dans la génération et/ou l’évolution d’un technosol.

Mots clés: hydrométallurgie, phytomanagement, laitiers sidérurgiques, traitement, valorisation, développement durable, géo-ressources, Analyse Cycle de Vie (ACV).

État de l’art

La voie alcaline appliquée aux laitiers de fonderie est en soi novatrice, même si elle ne constitue pas le cœur du sujet. La nature des sous-produits minéraux est très prévisible (CSH, brucite, gels Si-Al, etc.), mais ni leur granulométrie, ni même le niveau d’extraction des métaux à valoriser ne sont aisément prédictibles.

Par son volet phytomanagement, le projet intègre la préoccupation "aval" du devenir des produits secondaires du traitement, sous l’aspect de leur toxicité chimique (interception par les plantes) ou particulaire (phytostabilisation des fines). Du point de vue de la stabilisation des technosols sidérurgiques, une expérience a d’ores et déjà été acquise en phytomanagement mais on ne sait, pour l’heure, si elle serait transposable aux sous-produits de leur retraitement.

Environnement scientifique

Ce projet à forte connotation technologique et environnementale est en phase avec la stratégie de la région Rhône-Alpes (pôle de compétitivité AXELERA) sous l’angle du défi technologique, économique et environnemental soulevé par la gestion des sols pollués et des friches industrielles.

Une collaboration entre différentes équipes de l’EMSE de l’Université Jean Monet de Saint-Etienne (UJM), et d’une équipe de recherche à l’International est prévue (mise en place d’un comité de thèse).

Ce sujet s’intègre dans le cadre de l'atelier 2 du projet scientifique de l’UMR EVS 5600 (Unité Mixte de Recherche "Environnement, Ville et Société"): flux, circulation, matières, énergie, déchets et territoire (http://umr5600.ish-lyon.cnrs.fr/2015-20_Atelier2.2).

Profil du candidat

Compte tenu du caractère transversal et pluridisciplinaire du sujet, le candidat devra être titulaire d’un Master recherche (avec mention) dans l’un des domaines suivants:

  • Agronomie et sciences du sol;
  • Sciences et génie de l’Environnement;
  • Génie des procédés.

Il devra faire preuve de motivation pour la thématique de la remédiation des sols pollués et de la valorisation des déchets industriels.

Le travail comportant une part importante d’expérimentation (tant dans sa conception que sa mise en œuvre), le candidat devra faire preuve d’une certaine autonomie. Seront appréciées en sus ses capacités à évoluer en équipe. La maîtrise de l’anglais est indispensable. Deux séjours d’une durée de 3 mois seront à prévoir à l’International.

Procédure de recrutement

La procédure de recrutement se basera sur l’examen du Curriculum Vitae du candidat, de la qualité de son mémoire de Master ainsi que sur un entretien.

Ce dernier consistera en une présentation générale du candidat devant un jury composé des encadrants de la thèse et, éventuellement, d’un membre invité de chaque laboratoire partenaire et d’un représentant de la spécialité doctorale.

La date limite des candidatures est fixée au 15 juin 2016. Les dossiers de candidature sont à envoyer aux responsables du sujet.

Responsables du sujet:

Daniel Garcia (EMSE) - garcia@emse.fr

Olivier Faure (UJM) – ofaure@emse.fr

Fernando Pereira (EMSE) – fernando.pereira@emse.fr

Postdoctoral position for a Bio-engineer on insect acoustic behavior in malaria mosquitoes

16 Mars 2016,

Publié par Bioécologie

A 2 year postdoctoral position in insect acoustic behaviour is available within the Anofeel project funded by the French Agence Nationale de la Recherche (ANR) and hosted by the Research Institute for Development (IRD, Mivegec Lab, Montpellier, France), in collaboration with the IRSS (Bobo-Dioulasso, Burkina Faso) and the NRI (Greenwich University, Kent, UK). The Anofeel project aims at investigating the mating behavior of malaria mosquitoes using state-of-the-art synchronized 3D video and audio recording devices.

Scientific context: Malarial mosquitoes are the most dangerous animal on Earth; they kill more humans than any other animal. Prof. G. Gibson at the NRI and colleagues at the University of Brighton have discovered that mosquitoes use acoustic cues in a unique way to identify and locate mates. The aim of the project is to discover how this novel behavior might be exploited to control or even eradicate these deadly insects. For example, the development of sterile male release strategies to control mosquito populations highlights the necessity of producing competitive males which will require a detailed analysis of their acoustic capabilities. The findings of the project will also be used to develop new control and monitoring strategies.

Observing mating behavior is technically challenging, as it occurs in mid-flight within a volume ~ 1 m3 and in virtual darkness. Prof. Gibson has developed a recording studio designed to mimic the natural lighting and atmospheric conditions mosquitoes encounter during mating flights, and instrumented the space with 3D video recording and high-quality acoustic recording to document every stage of mating behavior. An experienced bio-engineer is required to operate the equipment, to design and construct modifications as required for this project and to write code for capturing and analyzing the video and audio recordings. The Post doc will also be required to set up similar equipment at the IRSS research centre in Burkina Faso, West Africa to build capacity in the field for similar experiments where there is access to wild populations of mosquitoes.

The postdoc fellow will work on acoustic cues emitted by males swarm at the NRI under Prof. Gabriella Gibson’s supervision. She/He will conduct the following studies:

  • Characterise male swarms; record the flight paths of individual mosquitoes in 3D and the simultaneous sounds they emit by their flight-tones.

  • Determine the distance of attraction to swarms for males and females.

  • Test the effects of pure tones within the range of male and female flight-tones to determine whether pure sounds can trigger similar responses.

  • If it can be shown that mosquitoes hear swarms, arrangements will be made with the University of Brighton to conduct key investigations of the sensory physiology underlying this acoustic behavior.

  • The Postdoc will be expected to contribute to the maintenance of the equipment related to the project and assist with rearing the mosquitoes used in the project.

  • The Postdoc will make one - two field trips to Burkina Faso to test for biological activity of recorded sounds in semi-field and field conditions and to assist with setting up a swarming studio equipped with 3D video recording for use by co-PIs on other tasks of the project.

This project is highly challenging, so we are looking for a highly motivated and independent candidate able to think ‘out of the box’. A strong background in bio-engineering and programming, preferably in Java, is essential. A background in acoustics and neurophysiology would be desirable, but not essential. The project will require construction of experimental arenas, so experience and enthusiasm for basic building activities is highly recommended. Gross monthly salary will be between 2150-2500€ according experience (Net salary of 1700-2000€). This salary includes French health insurance, retirement contribution and other social security contributions, but not income tax.

The Natural Resources Institute (NRI) of the University of Greenwich is located on the Medway Campus of the Greenwich University in UK. NRI's mission is to discover, apply and share knowledge in support of global food security, sustainable development and poverty reduction.

To apply, please send an email to both Olivier Roux (project PI: olivier.roux@ird.fr) and Gabriella Gibson (Task leader: g.gibson@gre.ac.uk) which includes your research interests (including why you are specifically interested in working on this project), research experience, CV, degree certificates and complete contact information for at least two references (all in a single PDF file). The position will start in April 2016 but is open until filled.

Postdoctoral position for a Bio-engineer on insect acoustic behavior in malaria mosquitoes

Projet de thèse 2016 -2019 (biologie végétale, génétique, écophysiologie, écologie et statistiques)

10 Mars 2016,

Publié par Bioécologie

Contribution de l’adaptation génétique et de la plasticité phénotypique de traits adaptatifs dans les mécanismes d’adaptation du Peuplier noir (Populus nigra L.) dans le contexte du changement climatique

Unité et équipe d’accueil :

Unité de Recherche : AGPF Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières,

INRA Val de Loire, site d’Orléans (http://www6.val-de-loire.inra.fr/uragpf)

Directeur de thèse : Marc Villar (DR INRA)

mail : marc.villar@orleans.inra.fr, tel : 02 38 41 78 74

Collaborations : RNN des Ramières (JM. Faton), RNN de St-Mesmin (M. Chantereau), UE GBFor (INRA Orléans), ONF PNRGF, LBLGC (Université d’Orléans)…

Ce projet de thèse rentre dans le cadre de l’étude des mécanismes d’adaptation d’une espèce forestière emblématique de la forêt alluviale (Populus nigra L.), dans le contexte du changement climatique. Les plantes peuvent répondre aux perturbations environnementales de différentes façons. Elles peuvent (i) disparaître (ii) migrer vers des conditions climatiques plus favorables, ou enfin (iii) s'adapter in situ en ajustant leur phénotype à l'environnement (plasticité phénotypique) et/ou en évoluant génétiquement par recombinaison et tri par la sélection naturelle. Dans ce dernier cas, le potentiel d’adaptation d’une espèce aux changements de l’environnement est lié à la diversité génétique potentielle et la plasticité phénotypique des individus de la population (Heinze et Lefèvre 2001). Une de nos études récentes de la diversité génétique du peuplier noir (Faivre Rampant et al. sous presse) a démontré un niveau de diversité importante et une structuration génétique par bassin versant en France (dont notamment entre la Loire et la Drôme). Les études sur la plasticité phénotypique ont été moins abordées, notamment chez le peuplier noir. Pourtant, ce processus a été démontrée comme héritable et fourni une réponse évolutive de court terme aux changements climatiques (Aitken et al. 2008, Nicotra et al. 2010).

L’objectif général de la thèse est de caractériser la part de la diversité génétique et de la plasticité phénotypique dans l’expression de caractères adaptatifs chez le peuplier noir. Les expériences seront centrées sur les jeunes semis, stade clé de la régénération de l’espèce. La croissance et le développement de la croissance de semis seront étudiés au cours de deux saisons de végétation après germination, en comparant et en croisant deux pools génétiques et deux contextes pédo-climatiques contrastés : Atlantique/Loire et Méditerranéen/Drôme. Les semis seront suivis (i) en conditions in situ par quadrats sur des sites identifiés de régénération naturelle au sein de deux réserves naturelles fluviales de Loire (RNN de St-Mesmin) et Drôme (RNN des Ramières) et (ii) en conditions ex situ dans des dispositifs expérimentaux dans de larges conteneurs, disposés en pépinière à proximité de l’étude in situ. Pour l’expérimentation ex situ, les graines seront collectées sur des peupliers noirs adultes des deux pools génétiques de Loire et de Drôme (arbres des berges des sites de régénération naturelle). L’évaluation de la plasticité phénotypique sera réalisée via les dispositifs expérimentaux (conteneurs en pépinière) sur les semis de ces deux origines génétiques, qui seront installés dans les deux environnements (dispositif de transplantation réciproque). Les mesures se focaliseront sur des caractères morphologiques et fonctionnels potentiellement adaptatifs, à la fois sur le compartiment aérien (phénologie, surface et température foliaire, photosynthèse et efficience d’utilisation de l’eau, densité et taille des stomates et biomasse) et sur le compartiment racinaire (biomasse et analyse via WinRhizo: longueur cumulée et diamètre moyen).

Ce travail de thèse complétera les travaux préliminaires de thèse en écophysiologie et sédimentologie, sur semis de Peuplier noir, de S. Chamaillard (2011) et de C. Wintenberger (2015). Le sujet de thèse proposé s’intègre dans les deux axes thématique de recherche de l’unité AGPF et déclinés dans l’équipe Génétique et Physiologie de l’Adaptation (i) Axe A : Recherche d’indicateurs d’adaptabilité au niveau des individus et des populations d’arbres forestiers, et notamment le sous-axe ciblé sur les variations du phénotype dans un environnement changeant (ii) Axe B : Gestion durable de la diversité génétique dans les écosystèmes forestiers spontanés et cultivés et notamment le sous-axe ciblé sur la conservation des ressources génétiques menacées et sur l’effet des changements climatiques et des modes de gestion sur la dynamique de la diversité génétique. Sur le plan fondamental, les travaux de recherches ont pour objectif d’améliorer les connaissances sur les caractères et mécanismes impliqués dans l’adaptation d’une espèce pionnière, à un stade juvénile et notamment sur la composante racinaire peu étudiée. Sur le plan appliqué, ces travaux permettront d’évaluer le potentiel d’adaptation de cette espèce et les conséquences dans le cadre du programme national de conservation des ressources génétiques de cette espèce, programme piloté par l’unité AGPF depuis 2002 (http://peupliernoir.orleans.inra.fr/).

Références :

Aitken SN, Yeaman S, Holliday JA, Wang T, Curtis-McLane S. 2008. Adaptation, migration or extirpation : climate change outcomes for tree populations. Evolutionary Applications 1 : 95-111

Chamaillard, S. 2007 – 2011. Efficience d’utilisation de l’eau chez le peuplier noir (Populus nigra L.) : variabilité et plasticité en réponse aux variations de l’environnement. Thèse de l’Université d’Orléans. 188pp.

Faivre Rampant P., et al. New resources for genetic studies in Populus nigra: genome wide SNP discovery and development of a 12k Infinium array. Mol Ecol Res (sous presse)

Heinze B., Lefèvre F. 2001. Genetic considerations for the restoration of riparian populations. In : EUFORGEN technical bulletin. In situ conservation of Populus nigra . International Plant Genetic Resources Institute, Rome, Italy. Pp. 25-35

Nicotra AB, Atkin OK, et al . 2010. Plant phenotypic plasticity in a changing climate. Trends in Plant Science, 15 : 684-692

Wintenberger, C. 2011 - 2015 : Rôle de la dynamique hydro-sédimentaire et des travaux d’entretien du lit sur le renouvellement des communautés de Salicaceae colonisant les sédiments de Loire. Thèse de l’Université F. Rabelais de Tours. 355pp.

Compétences recherchées :
- Master 2 Recherche ou équivalent (École Ingénieur) en Biologie végétale / Environnement ou cursus apportant des bases solides dans ces disciplines.
- Compétences dans un ou plusieurs des domaines suivants : biologie végétale, génétique, écophysiologie, écologie et statistiques

- Intérêt pour le travail multidisciplinaire

- Excellentes capacités de rédaction, maîtrise écrite et orale de l’anglais

- Rigueur et organisation : acquisition et gestion de (très nombreuses) données, en pépinière et en forêt, bonnes aptitudes relationnelles, nombreux aspects techniques d’expérimentation.

- Esprit d’initiative, créativité et curiosité ; motivation pour la recherche

- Fort attrait pour le travail de terrain

- Autres : Permis de conduire, savoir nager

Pour postuler :

Merci d'adresser votre candidature (lettre de motivation et CV) par mail, d'ici le 8 avril 2016 au plus tard, à Marc Villar (marc.villar@orleans.inra.fr). La lettre de motivation devra démontrer l’intérêt du (ou de la) candidat(e) pour le sujet ainsi que la façon dont il (ou elle) perçoit l’adéquation de ses compétences avec le projet de doctorat.

Un entretien à l’INRA d’Orléans sera organisé début mai, si le dossier est retenu, pour sélectionner in fine 2 à 3 candidat(e)s.

Enfin, les candidat(e)s seront auditionné(e)s par l’Ecole Doctorale Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant (ED 549 SSBCV Orléans-Tours) à Tours le 12 mai 2016 pour le choix final du doctorant(e).

Le travail débutera à l’automne 2016. Le candidat devra s'inscrire à l’Université d’Orléans pour la préparation de sa thèse de doctorat, et devra être titulaire du Master2 (ou diplôme équivalent) lors de son inscription.

Post-doctoral position

22 Février 2016,

Publié par Bioécologie

Post-doctoral position at the University of Lorraine (France)

Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux (LIEC), CNRS UMR 7360

Title: Predicting and understanding Rare Earth Element (REE) effects at the sediment-water interface

Context: Effective and sustainable use of strategic mineral resources is a high societal, scientific and economical priority. Yet, information on the interactions between REE and biota is often limited, especially for sediment-dwelling organisms that may be the most impacted by such activities.

In the absence of acid-mine drainage (AMD), cationic metals mobilized into the environment from mining activities (extraction and processing) actually tend to associate with suspended particulate matter (SPM) and accumulate into bed sediments. These phenomena reduce exposure of pelagic organisms to potentially harmful trace elements, but result in their corresponding accumulation in bottom sediments. Furthermore, even in the presence of AMD, the gradual neutralization of the acid effluents will eventually result in the deposition of metals to bed sediments via colloidal pumping, adsorption onto SPM and sedimentation. Understanding if and how mining of REE will result in adverse effects to organisms living inside bed sediments or at the sediment-water interface is therefore a highly relevant question for the all decision concerning present and foreseeable REE mining.

Objectives and work summary: In the current geopolitical and economical context, (re)opening of mining facilities for REE extraction is being explored in several countries. This project proposes to study if and how (re)opening of REE mines will alter the normal ecology of organisms living at the sediment- water interface. The proposed approach includes a field study at sites being considered for mining activities, in situ experiments with animal and vegetal model aquatic species and laboratory experiments. The overall objective of this post-doctoral position is to establish a solid knowledge of REE ecotoxicity to benthic organisms in order to ensure a sober management of natural resources.

The following specific objectives will constitute the core of the proposed work:

  • Establish baseline environmental conditions and trophic transfer at sites where rocks naturally rich in REE occur. The Labex consortium has already identified suitable study areas (perspective mining sites with different mineralogies of REE containing rocks) in Canada. Water, sediments and representative benthic organisms will be collected and analyzed for their REE content. Knowledge of baseline environmental conditions before anthropogenic activities is invaluable to manage mining activities during and after exploitation.
  • Determine the safe concentrations of REE mixtures to representative benthic organisms. Field sediments collected at perspective mining sites will be spiked with REE mixtures representative of the corresponding ore composition. A battery of model organisms will be exposed to the spiked sediments and monitored for relevant endpoints. Detailed characterization of exposure conditions will be carried out throughout the duration of the organisms’ exposure to contaminated sediments.
  • Explore possible early-warning endpoints of REE effects. Current knowledge surmises that a contaminant causes adverse effects when its metabolically active concentration inside an organism exceeds a certain threshold. Sub cellular distribution of REE will be studied in an attempt to establish such links. Alternatively, the use of behavioral responses or cellular biomarkers will be explored as early signals for effects at the individual and population levels.

Student profile: The candidate must be a highly-motivated and self-directed person with a recent university doctoral degree (or equivalent) in ecotoxicology or environmental toxicology. A solid background in biology, ecotoxicology, stress ecology and a strong interest for both experimental and in situ studies are required. He or she may demonstrate fundamental knowledge and / or quantitative analytical techniques and document acquired knowledge in these topics. Basic level in freshwater physico-chemistry will be also appreciated. The candidate will need to be fluency in English and in French (or willingness to learn French).

Funding: This post-doctoral position will be funded by the LabEx RESSOURCES21 which was selected by the French Ministry of Research and Education in the framework of the "Laboratoires d'Excellence" initiative. RESSOURCES21 proposes an integrated scientific and educational approach to the understanding, exploitation and environmental management of strategic metal resources for the 21th century. This post-doctoral fellowship is funded for one year with the possibility of a further extension for an additional year.

Host institution: LIEC (Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux), Metz, France. http://www.liec.univ-lorraine.fr

Salary: 45 k€ annual gross salary

Entry into service: May 2016

Applicants should send via email Curriculum Vitae and the names and email addresses of two references to:

Davide A.L. Vignati (david-anselmo.vignati@univ-lorraine.fr) & Laure Giamberini (laure.giamberini@univ-lorraine.fr)

Application deadline: March 15th 2016

MSc / PhD studentship: Bioassays for assessing mine tailings rehabilitation strategies

11 Janvier 2016,

Publié par Bioécologie

Institution: University of Limerick, Ireland

Supervisors: Dr. Ronan Courtney

Advisor: Prof Mike Johnson emeritus (University of Liverpool)

Project Description:

This project funded by Rio Tinto and the International Aluminium Institute will focus on using bioassays (plant germination and growth trials; soil faunal indices) with soil characterisation and plant physiology investigations to assess the rehabilitation success of a range of mine tailings sites in Ireland and France.

The student will: (1) address systematic reviews of mine tailings environmental issues in general and within Europe in particular; and (2) develop techniques for designing and implementation of rehabilitation/ revegetation approaches for mine tailings.

Further, the student will characterise and assess for indicators of stress (e.g. indicator species, metal transfer through trophic structure) in sites already vegetated through natural colonisation and managed approaches. The student will benefit from research and training in a truly inter-disciplinary environment at University of Limerick and with industry practitioners, with further opportunities to collaborate with ecologists, engineers, geographers, sociologists, state agencies, government and regulators, industry stakeholders and local communities.

Candidate Experience:

Essential: A minimum of a 2nd class honours, grade one degree in Environmental Science, Ecology, Soil Science (or similar discipline). The successful candidate must also have fluency in both English and French. Full European driving license.

Desirable: Experience with experimental design. Experience in planning fieldwork.

Position Description:

The University of Limerick (UL) with over 13,000 students and 1,300 staff is an energetic and enterprising institution with a proud record of innovation and excellence in education, research and scholarship. The dynamic, entrepreneurial and pioneering values which drive UL’s mission and strategy ensures that we capitalise on local, national and international engagement and connectivity. We are renowned for providing an outstanding student experience and conducting leading edge research. Our commitment is to make a difference by shaping the future through educating and empowering our students. UL is situated on a superb riverside campus of over 130 hectares with the River Shannon as a unifying focal point. Outstanding recreational, cultural and sporting facilities further enhance this exceptional learning and research environment.

The position is industry funded and will involve assessment of mine tailings site in Ireland and France. Time will be divided between sites in Ireland and France allowing the candidate to engage in academic research while developing strong industrial links.

This fully funded 3-year PhD studentship pays University of Limerick fees and stipend of Euro 16,000 per annum. Applicants must have a BSc and/or MSc in Environmental Science, Ecology (or similar discipline).

Application: Submit CV and cover letter of Application by February 5pm 1st 2016 to Dr Ronan Courtney ronan.courtney@ul.ie

Dr Ronan Courtney

SR 2018, Department of Life Sciences,

Faculty of Science and Engineering,

University of Limerick, Limerick.

Email: ronan.courtney@ul.ie Tel: 061-202427

Bourse SFE-H&B « Ecologie impliquée » R. Barbault et J. Weber

8 Décembre 2015,

Publié par Bioécologie

La Société Française d’Ecologie (SFE) et Humanité et Biodiversité (H&B) s’associent afin de promouvoir « l’écologie impliquée » en offrant une bourse de 5000 € tous les deux ans. Cette bourse en hommage à Robert Barbault et Jacques Weber peut être utilisée pour financer une partie spécifique d’un projet plus vaste faisant appel à d’autres sources de financement.

Objectifs
Cette bourse récompense des projets d’écologie impliquée définie ici comme un champ de l’écologie qui cherche à résoudre des questions de société autour d’enjeux environnementaux par des projets de recherches associant des personnes du monde académique et des personnes du monde non-académique.

Date limite de candidature, 31 décembre 2015.

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Bourse SFE-H&B « Ecologie impliquée » R. Barbault et J. Weber

Poste de Professeur régulier en Toxicologie Environnementale

17 Novembre 2015,

Publié par Bioécologie

L'Université du Québec à Montréal (Canada) recherche des candidats qualifiés afin de renouveler son corps professoral et assurer un développement de qualité dans les domaines stratégiques de recherche. Située au centre-ville de Montréal, la Faculté des sciences de l'UQAM est en pleine croissance et comprend présentement 12 centres et 18 chaires de recherche ainsi que plus de 4000 étudiants.

Le Département des sciences biologiques souhaite enrichir son expertise en toxicologie environnementale par l'ouverture d'un nouveau poste de professeur(e) régulier dans ce domaine.

Nous recherchons un candidat dont l'expertise s'arrimera aux intérêts de recherche du Centre institutionnel de recherche en toxicologie de l'environnement (TOXEN). Les chercheurs œuvrant dans ce centre étudient les mécanismes d'action moléculaires, biochimiques et physiologiques des contaminants et contribuent au développement de biomarqueurs. Un programme de recherche centré sur l'approche moléculaire et/ou la toxicogénomique représenterait un atout pour le candidat. La tâche d'un professeur à l'UQAM comprend l'enseignement aux trois cycles, la recherche et les services à la collectivité.

Date limite pour postuler : 29 janvier 2016 - Plus d'informations ici

Poste de Professeur régulier en Toxicologie Environnementale