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Bioécologie

Articles avec #logiciels scientifiques - utilitaires gratuits

ZEN: Eco-evolutionary Software

13 Février 2017,

Publié par Bioécologie

kisdi

Figure 1
Deployment of polymorphism in a population subjected to asymmetric competition
(ZEN simulation, model from Kisdi & Geritz 2001).
The distribution of phenotypes is shown along evolutionary time in ordinates.
 

Ecology

Ecological models with an evolutionary component allow to study several biological phenomena: host-pathogens interactions, coevolution of plants and pollinisators, mimicry, development of the immune system, evolution of cooperation, evolution of life history traits, and more generally biodiversity and speciation.

What is simulated by ZEN ? The evolution of populations under the mutation-selection process 

ZEN uses an individual-based (in fact ‘phenotype-based’) approach with 3 components:

  • Stochastic equations in discrete time describing the dynamics of finite populations
  • Adaptive traits and their mutations (mutation rates and distributions)
  •  Ecological interactions between phenotypes

During the ZEN simulation, mutant phenotypes created by the triggering of mutations interact with resident phenotypes. They persist or go extinct, possibly leading to evolutionary branching and polymorphism (Figs. 1, 2).

How does ZEN work ?

Models are described in a text file using a reduced declaration language, and studied by means of a simple interface with convenient graphics. The ZEN kernel is a symbolic evaluator handling ‘polymorphic’ variables.

More information here

FishBase: A Global Information System on Fishes

24 Octobre 2016,

Publié par Bioécologie

FishBase is a relational database with information to cater to different professionals such as research scientists, fisheries managers, zoologists and many more.  FishBase on the web contains practically all fish species known to science.

FishBase was developed at the WorldFish Center in collaboration with the Food and Agriculture Organization of the United Nations ( FAO) and many other partners, and with support from the European Commission ( EC). Since 2001 FishBase is supported by a consortium of nine research institutions

FishBase: A Global Information System on Fishes

Adblock Plus: Blocks banners, pop-ups and video ads

5 Septembre 2014,

Publié par Bioécologie

Adblock Plus: Blocks banners, pop-ups and video ads

Adblock Plus blocks annoying ads on the web. It can block other things, like tracking, as well. With more than 50 million users, it is the world's most popular browser extension. Adblock Plus is an open source project created by Wladimir Palant in 2006.

Adblock plus is free!

Install for Firefox: click here, for Chrome: here, for Safari: here, for explorer: here

Logiciels pour réaliser des mesures morphométriques

28 Juillet 2014,

Publié par JMB

 Richard Palmer (University of Alberta, Canada)

  • Palmer, A. R. 1992, 1994.
    ExCaliper: Captures data from digital calipers onto a Macintosh computer.
  • Palmer, A. R. 1996.
    MacCoil: Displays wire-frame images of coiled mollusc shells drawn using user-specified ('point-and-click') coiling parameters on a Macintosh computer
  • Links to other morphometric software.

Plankton Identifer

20 Décembre 2013,

Publié par JMB

Author : Dr Stéphane Gasparini; Laboratoire d'Océanographie de Villefranche; UMR 7093 - CNRS / Université Pierre et Marie Curie

Plankton Identifier is a free software which allows the automatic identification of objects (plankton and/or particles) from a set of images with their associated data. Therefore, before you can use Plankton Identifier, you must extract object data (PID format) and object thumbnails (JPEG format) with a dedicated hardware-software combination such as ZooScan and ZooProcess (http://www.ZooScan.com).

Once data acquisition is done, Plankton Identifier helps the user to build a Learning File (set of objects identified by an expert) through a safe interface which prevents from data loss, erroneous duplicates etc. Then, using the learning file, Plankton Identifier allows the automatic recognition of an unlimited number of objects from one or several data files. Additionally, the user can optimize the recognition by many ways (by choice of different data analysis methods, selection of variables, variable transformation, way of grouping objects etc.). Results are stored in one or several text files which can easily be imported in other softwares (for graphics, time series analysis etc...). A detailed statistical report is also generated (html format allowing copy-paste).

NOTE: Although Plankton Identifier has been initially developed to identify Planktonic organisms, it can virtually identify any kind of objects.

Supervised learning algorithms are not implemented in Plankton Identifier itself but are those of the free data mining software TANAGRA which is used in batch mode. This is the reason why you must install Tanagra 1.4.22 or above on your computer before using Plankton Identifier.

TANAGRA can be downloaded here.

NOTE: Experimented users can define their own data analysis methods for Plankton Identifier using Tanagra tdm format.

Photos : logiciels de traitement gratuits

3 Août 2009,

Publié par JMB

Si vous êtez amenés à prendre des photos scientifiques (ou autres), voici quelques logiciels et utilitaires gratuits pour le traitement de vos photos (Source : Argus-Photo.fr)

Pc Inspector smart recovery : Ce logiciel est un secouriste des images perdues. Il permet de récupérer des images sur la carte-mémoire, même si celle-ci a été effacée ou reformattée.

Photofiltre : Un excellent logiciel de traitement de photos. Nombreux filtres, cadres, polices de texte et effets sur les polices...

IrfanView : Célèbre visionneuse, très complète. Complète idéalement Photofiltre, d'autant qu'il existe un additif pour la langue française (cet additif n'est pas sur le site officiel).

XN View : Visionneuse, gratuiciel, en francais. Permet de créer des bibliothèques ou des pages web, des photoramas (diaporamas de photo = photoramas) etc.

11view : Visionneuse d'image. Ce serait presque le compagnon idéal de Photofiltre !

Coffe Cup Image viewer : Visionneuse.

Opanda Photofilter : Photofilter, à ne pas confondre avec photofiltre, se limite aux filtres de couleurs, tels ceux que l'on ajoute à nos objectifs. On trouve ainsi l'équivalent des filtres Kodak, Cokin et Hoya. En tout, une centaine de filtres.

Exif Manager : Logiciel de traitement des informations Exif. Gratuit, en francais et  en anglais. Permet de visualiser et mettre à jour les informations exif, d'y insérer un copyright, mais aussi de supprimer les informations Exif, par exemple avant tirage. Traitements par lot.

Exifer : Logiciel de traitement des informations Exif. Gratuit, mais en anglais.

Diaporama : Ce logiciel vous permet de réaliser facilement des présentations de vos photos sous forme de diaporama. Il est possible pour chaque image de régler le temps d'affichage, spécifier une bordure,  de choisir parmi 127 transition. Génère un fichier executable.

YoPoW : Logiciel de création de galerie de photos. Présente la particularité de permettre la mise en ligne sur Internet de la dite galerie.

Minigal : Logiciel de création de galerie de photos. Présente la particularité de permettre la mise en ligne sur Internet de la dite galerie.

Image Dupeless : Outil de recherche des images redondantes. Analyse l'image, et non pas seulement la taille ou le nom. Permet de faire le menage sur le disque dur.

Picture Shark : Applique un filigrane sur une ou une série d'images. Transparence ajustable.

Posteriza : Ce logiciel permet de générer des posters, c'est-à-dire qu'il découpe une photo en plusieurs pour permettre l'impression à un format donné.

Url2bmp : Création d'une image bmp à partir d'une adresse de page Internet (URL). Interessant, car ce n'est pas évident de le faire en copie d'écran si la page est plus grande que l'écran.

Patchwork Maker : Inattendu ! Un logiciel créant une image patchwork (assemble de mini-morceaux) à partir d'un ensemble (important) d'images. Très puissant, même s'il est d'une utilité limitée.

Foto-Mosaik : Logciel permettant de créer une image mosaïque partir de nombreuses autres images.

Gif Optimizer : Logiciel pour optimiser la taille des fichiers gif, animés ou non.

Utilitaires

12 Juin 2009,

Publié par JMB

Vous souhaiter déterminer une date de réunion entre collègues, amis, etc. Fixer une date de soutenance de thèse qui convienne à tous les membres du jury, etc. Voici un utilitaire simple et fort partique. Cliquez ici


Vous souhaitez envoyer un rapport volumineux, etc. Il est trop "lourd" pour l'envoyer par email. Voici une solution très simple : passez par YOUSENDit. C'est vraiment très simple d'utilisation. Cliquez ici

Ecological Methodology: book + software package!

6 Mars 2009,

Publié par JMB

Krebs, C.J. 1999. Ecological Methodology, 2nd ed. Addison-Wesley Educational Publishers, Inc.

Errors in first printing (PDF file).
Errors in second printing (PDF file).
Answers to Questions and Problems in the book (A WinZIP file containing PDF files for each chapter.)


A software package to accompany Ecological Methodology is available from
Exeter Software. Version 6 (currently 6.1.4) is a major upgrade and has been developed to run on Windows 95/98/NT/2000/XP platforms.


Retrouver tous les livres de Charles Krebs ici

Un peu de musique avec Zazie et Moby : Natural Blues