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Bioécologie

Plankton Identifer

20 Décembre 2013,

Publié par JMB

Author : Dr Stéphane Gasparini; Laboratoire d'Océanographie de Villefranche; UMR 7093 - CNRS / Université Pierre et Marie Curie

Plankton Identifier is a free software which allows the automatic identification of objects (plankton and/or particles) from a set of images with their associated data. Therefore, before you can use Plankton Identifier, you must extract object data (PID format) and object thumbnails (JPEG format) with a dedicated hardware-software combination such as ZooScan and ZooProcess (http://www.ZooScan.com).

Once data acquisition is done, Plankton Identifier helps the user to build a Learning File (set of objects identified by an expert) through a safe interface which prevents from data loss, erroneous duplicates etc. Then, using the learning file, Plankton Identifier allows the automatic recognition of an unlimited number of objects from one or several data files. Additionally, the user can optimize the recognition by many ways (by choice of different data analysis methods, selection of variables, variable transformation, way of grouping objects etc.). Results are stored in one or several text files which can easily be imported in other softwares (for graphics, time series analysis etc...). A detailed statistical report is also generated (html format allowing copy-paste).

NOTE: Although Plankton Identifier has been initially developed to identify Planktonic organisms, it can virtually identify any kind of objects.

Supervised learning algorithms are not implemented in Plankton Identifier itself but are those of the free data mining software TANAGRA which is used in batch mode. This is the reason why you must install Tanagra 1.4.22 or above on your computer before using Plankton Identifier.

TANAGRA can be downloaded here.

NOTE: Experimented users can define their own data analysis methods for Plankton Identifier using Tanagra tdm format.

La liste EcoDiff de la Société Française d'Ecologie (SFE)

17 Décembre 2013,

Publié par Bioécologie

La liste EcoDiff de la Société Française d'Ecologie (SFE)

La Société Française d'Ecologie (SFE) diffuse régulièrement, via la liste EcoDiff, des offres de stages, thèse, post-docs, offres d’emploi, séminaires et conférences, etc. à la destination de la communauté scientifique élargie intéressée par l'écologie et l'évolution.

En voici un exemple pour la semaine du 12 au 16 décembre 2013 :

Job

Technicien en Biologie Appliquée

Chef de service « réserve naturelle des Terres australes françaises »

PostDoc

Postdoctoral position in ecosystem ecology

Postdoctoral/data analyst position in quantitative ecology

Graduate Research Position at UNC in Bio-physical Interactions in Marine Ecosystems

Post-doc researching temperature and life history effects on sustainable fishing

Post-Doctoral Research Associate in Ecophysiology / Trace Gas Biogeochemistry

Postdoc: plant and microbial community ecology, Stanford

Open postdoc, Gainesville Florida, population ecology of Endangered beach mice

Postdoc: UCLA La Kretz Center for California Conservation Science

Plant-Pathogen Invasion Ecology Post-Doc (NZ)

Postdoctoral positions in antibody evolution and pathogen interactions

Postdoctoral researcher in ecological pest management

Postdoctoral Research Fellowships at Colorado State University

UMass Amherst Darwin Fellow Postdoctoral position

postdoc in population/community/eco-evolutionary dynamics

2 positions in insect ecology and functional biodiversity research in Germany

Postdoc at University of Illinois, Prairie Research Institute.

Postdoctoral Research Position - Insect Physiological Ecology

Postdoc: biogeochemical modeling, ETH Zurich

Postdoc: controls on carbon dioxide and methane exchanges in a boreal peatland, Sweden

PhD

1 Ph.D. opportunity - Woodland Caribou (habitat selection and population dynamics), Canada

Two Ecology/Conservation PhD Opportunities - Durham, UK

Graduate Assistantships in Conservation Ecology at Washington State University Vancouver

PhD Position - Large-scale variation in avian demography

Thèse Cifre : Modélisation des propriétés technologiques du Douglas (Pseudotsuga menziesii) en fonction de caractères dendrométriques simples, et mise au point d’un outil informatique d’estimation de la qualité des arbres sur pied

PhD position on Genomic Basis of Mate Choice in the Polychromatic Midas Cichlid Fish

PhD position on Behavioural variability as anti-predator adaptation

PhD position on Immune Gene Variation in Resident vs. Migratory Ducks, Konstanz

PhD student position in marine ecology in the University of Turku, Finland

PhD position on Development of neurons relevant for feedback-dependent plasticity during bird song learning, Konstanz

Ph.D. Fellowship in Wetland Restoration at Utah State University

2 positions in insect ecology and functional biodiversity research in Germany

PhD position on Social Evolution, Konstanz

PhD position on Ecological and Genomic Control of Migration

PhD position on Genomic Basis of Alternative Life-History Evolution in Swordtail Fishes

1 Ph.D. opportunity - Sable Island Horses (ecology and evolution), Canada

PhD position on Evolutionary endocrinology of birds, Konstanz

PhD position on Genomic adaptations under recent habitat changes, Konstanz

PhD position - Can female promiscuity evolve via indirect selection on male sex-drive? Konstanz

PhD position on Colonizations and Demographic History of Cichlid Fishes in Crater Lakes in Nicaragua

Graduate Position: Evolutionary Ecology and Genetics of Colorado potato beetle

Vacancy for a Phd student in spatial foodweb ecology at Ghent University

Master

offre M2R - iridescence et communication

Graduate Assistantships in Conservation Ecology at Washington State University Vancouver

Stage de master 2- Adaptation à l’hôte chez les punaises hématophages responsables de la maladie de Chagas : répertoire et évolution des gènes chimiosensoriels - LEGS- Gif sur Yvette

URGENT : Étude des interactions entre rats introduits, flore et espèces frugivores natives d’une forêt tropicale humide d’altitude, Nouvelle Calédonie

Two master student positions in plant physiology and genetics

Conference

Plant Population Biology Conference 2014, (29th - 31st May), Konstanz

Other

Volunteers needed for the Starling Camp 2014
Stage : Sauvegarde des amphibiens dans le cadre de la création d’une infrastructure routière

Un renard chasse sous la neige

16 Décembre 2013,

Publié par Bioécologie

C'est l'hiver. Une épaisse couche de neige recouvre le sol. Regardez ce renard chasser. Il repère la proie à l’ouïe, calcule sa trajectoire et plonge la tête la première dans la neige. C'est fabuleux !

Offre de doctorat : les diatomées, bioindicateurs des écosystèmes aquatiques

12 Décembre 2013,

Publié par Bioécologie

Barcoding et Biomonitoring : développement d’outils innovants de bioindication des écosystèmes aquatiques basés sur les diatomées et sur les nouvelles techniques de séquençage à haut-débit. Application à la bioindication de la qualité des cours d'eau de Mayotte.

L’objectif de ce doctorat (INRA, UMR CARRTEL, Thonon-les-Bains, et Asconit Consultants, Lyon, France) est de développer des outils moléculaires pour l’identification des diatomées afin d’améliorer l’utilisation de ces microorganismes comme bioindicateurs de la qualité des eaux. Ce travail s’inscrit dans le cadre général de l’application de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau (évaluation de l’état écologique des masses d’eau) à Mayotte, à la demande de l'ONEMA (Office National des Eaux et des milieux aquatiques, France).

Pour plus de détails, ouvrir ci-dessous le fichier attaché

Une diatomée grossie 1000 fois. Il s'agit de l'espèce Cymbella aspera (taille moyenne : 110 µm de long et 25 µm de large) - photo d'Olivier Herlory

Une diatomée grossie 1000 fois. Il s'agit de l'espèce Cymbella aspera (taille moyenne : 110 µm de long et 25 µm de large) - photo d'Olivier Herlory

Ecology Letters - Ecological Effects of Environmental Change

11 Décembre 2013,

Publié par Bioécologie

Ecology Letters - Ecological Effects of Environmental Change

Following on from the symposium on Ecological Effects of Environmental Change, held in Paris, June 2012, Ecology Letters has published its first Special Issue, which covers the diverse ecological effects of climate change (May, 2013).

The CNRS and Ecology Letters sponsored-symposium held the aim that major contributors to the ecological effects of environmental change present and discuss their latest findings.

This exciting Special Issue contains new invited Reviews and Syntheses and Ideas and Perspectives papers about the ecology of environmental change from leading researchers in the fields of global change and climate change.

Click here

La revue Ecology Letters a publié un numéro spécial consacré aux conséquences écologiques des grands changements environnementaux.

"L’homme est à l’origine de multiples changements environnementaux, que ce soit le réchauffement climatique, les pollutions diverses et variées, la fragmentation des habitats, la disparition des forêts primaires ou encore l’introduction d’espèces invasives. Les différentes conséquences écologiques de ces bouleversements ont été discutées, en juin 2012, lors d’une conférence internationale organisée par le CNRS et Ecology Letters à Paris. Les travaux les plus intéressants de cet événement viennent d’être rassemblés dans un numéro spécial de la revue Ecology Letters et ils font état des progrès spectaculaires qui ont été réalisés dans la manière dont la science analyse et comprend l’impact de ces changements globaux sur la perpétuation des espèces vivantes et sur la biodiversité."

Source, Laboratoire Évolution et Diversité Biologique, UMR 5174 (UPS, CNRS, ENFA)

Intermède

9 Décembre 2013,

Publié par Bioécologie

Dans le cadre du prestigieux concours «Wildlife Photographer of the Year», c'est le sud-africain Greg du Toit qui a reçu le titre de meilleur photographe 2013 avec une photo d'éléphants.

South African photographer Greg du Toit beats almost 43,000 entries to become the Wildlife Photographer of the Year 2013 for his photo "Essence of elephants."
Du Toit's shot was taken in the Northern Tuli Game Reserve in Botswana after spending a decade on a quest to perfect the shot of an elephant herd.

Intermède

Invictus, William Ernest Henley (1849-1903) (More information in English here)

Out of the night that covers me,                                   
Black as the pit from pole to pole,
I thank whatever gods may be
For my unconquerable soul.

In the fell clutch of circumstance
I have not winced nor cried aloud.
Under the bludgeonings of chance
My head is bloody, but unbowed.

Beyond this place of wrath and tears
Looms but the Horror of the shade,
And yet the menace of the years
Finds and shall find me unafraid.

It matters not how strait the gate,
How charged with punishments the scroll,
I am the master of my fate:
I am the captain of my soul.                   

 

Traduction d'après la version française du film Invictus

Dans les ténèbres qui m’enserrent,
Noires comme un puits où l’on se noie,
Je rends grâce aux dieux quels qu’ils soient,
Pour mon âme invincible et fière,

Dans de cruelles circonstances,
Je n’ai ni gémi ni pleuré,
Meurtri par cette existence,
Je suis debout bien que blessé,

En ce lieu de colère et de pleurs,
Se profile l’ombre de la mort,
Et je ne sais ce que me réserve le sort,
Mais je suis et je resterai sans peur,

Aussi étroit soit le chemin,
Nombreux les châtiments infâmes,
Je suis le maître de mon destin,
Je suis le capitaine de mon âme.

Hovering on a high fructose diet: hummingbirds can fuel expensive flight with glucose or fructose

4 Décembre 2013,

Publié par Bioécologie

Chris Chin Wah Chen and Kenneth Collins Welch, Jr. in Functional Ecology a Journal of the British Ecological Society

"Unlike humans, some animals evolved on a sugar diet equally rich in glucose and fructose. Hovering hummingbirds are rare among vertebrates in their ability to rapidly make use of ingested sugars to fuel energetically expensive hovering flight, powering up to 100% of their metabolic needs with the sugars they drink, while humans athletes max out at around 30%. Until now, we haven't understood to what extent hummingbirds can use the 50% of the sugar in their nectar meals that is glucose versus the 50% that is fructose. Our study shows that hummingbirds begin using newly ingested sugars to fuel hovering flight within minutes and can fuel as much as 100% of their intense hovering metabolism with either glucose or fructose. This suggests that hummingbirds may even be able to oxidize fructose in flight muscle tissues at rates high enough to satisfy metabolic demands that are, pound for pound, 10 times those of an elite human athlete.

By relying on newly ingested sugars to fuel flight hummingbirds can reserve precious fat stores to see them through the overnight fasting period, or to power migratory flights. These results hint at unique adaptations for fructose use in hummingbird muscles and demonstrate the remarkable convergence of diet, behaviour, and most notably, physiology that enables their high energy lifestyle."

You can read the paper free online here
Chen, C. C. W., Welch, K. C. (2013), Hummingbirds can fuel expensive hovering flight completely with either exogenous glucose or fructose. Functional Ecology. doi: 10.1111/1365-2435.122
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A male ruby-throated hummingbird (Archilochus colubris) hovers at a feeder placed inside a respirometry mask.