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Bioécologie

Le Centre de Recherche en Ecologie Expérimentale et Prédictive & Ecotron Ile-de-France

21 Juillet 2011,

Publié par JMB

Le CEREEP-Ecotron IleDeFrance, Centre de Recherche en Ecologie Expérimentale et Prédictive & Ecotron Ile-de-France, regroupe un ensemble de plateaux techniques dédiés à l’expérimentation écologique et disponibles pour la communauté des sciences écologiques.

L’approche des systèmes écologiques promue au CEREEP est intégrative par excellence : du gène à l’écosystème, à l’interface de l’écologie et de l’évolution. Les plateaux techniques en cours de fonctionnement sont la serre, les mésocosmes terrestres (enclos extérieurs), les mésocosmes aquatiques et les espaces d'animalerie. Enfin, les espaces naturels (prairies, forêts), dont certains sont protégés de toute intrusion, permettent la mise en place de programmes d’expérimentation ou d'observation à long terme en conditions naturelles.

Le projet de l’Ecotron IleDeFrance a été initié sous l’impulsion du CNRS et de l'ENS en 2005. Ce projet est centré sur la réalisation d’un ensemble de cellules environnementales destinées à la recherche fondamentale et appliquée en écologie. Il s’agit de reconstituer à petite échelle le monde réel dans la diversité de ses conditions environnementales et climatiques.

Le CEREEP-Ecotron IleDeFrance est une Unité Mixte de Service (UMS)  entre le CNRS et l'ENS depuis le premier janvier 2008. Au cœur de la vallée du Loing, le domaine du Centre s’étend à l’orée du Bois de la Commanderie, forêt classée située au sud du massif de Fontainebleau (France)

Du boeuf contaminé dans les assiettes japonaises

21 Juillet 2011,

Publié par JMB

Plus de quatre mois après l'accident nucléaire, le Japon n'a pas encore instauré de système centralisé de contrôle de la radioactivité de la nourriture, s'en remettant aux tests effectués par les préfectures et les municipalités.

Résultat : des boeufs contaminés par des radioéléments, au delà des limites acceptables, ont été détectés sur l'ensemble du territoire japonais. Qu'en est-il des autres aliments (légumes, fruits,...) ? La question est posée.

La suite de l'article ici et un autre article ici

 

Artificial stream and pond system (FSA)

21 Juillet 2011,

Publié par JMB

Streams mesocosm FSA-copie-1L’Agence Fédéral pour l’Environnement à Berlin-Marienfelde (Allemagne) dispose d'une plateforme expérimentale composée de divers dispositifs expérimentaux appelés mésocosmes. Ces mésocosmes permettent de simuler des cours d'eau, des lacs et des étangs. L'objectif est d'étudier les effets  des polluants sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes aquatiques continentaux.

More information in english:

The artificial stream and pond system (“Fließ- und Stillgewässer-Simulationsanlage” – FSA) of the German Federal Environment Agency’s field station in Berlin-Marienfelde is a new large, and technically sophisticated test plant.

 The test plant allows the simulation of aquatic lotic (flowing), lentic (stagnant) and flow-through systems – from streams and rivers, ponds and lakes, right up to river like lakes. It provides an intermediary between easily controllable, but simplifying laboratory experiments and field studies, which are less controllable, but more realistic compared to the field situation.

One objective of mesocosm experiments is to examine the effects of substances andpond FSA microorganisms, which are selectively introduced into the systems on the flora and fauna, and to gain experience concerning their dispersion and stability in different aquatic compartments. The substances can either be introduced into surface waters by treated municipal wastewater (e.g. pharmaceuticals, substances containing hormones, detergents and cleansing agents, industrial chemicals, bacteria, viruses etc.), by runoff from rural areas (e.g. pesticides), or as the result of industrial accidents or atmospheric deposition (e.g. industrial chemicals).

The FSA is also used to validate studies carried out elsewhere and to improve continually the expertise of the Federal Environment Agency (UBA) in regulation procedures for substances and mixtures (formulations). It also provides the Federal Environmental Ministry (BMU) with scientific assistance in developing and consolidating environmental protection regulations.

Credit photos, graphics: link

Caenorhabditis elegans : behavioral assays

20 Juillet 2011,

Publié par JMB

Caenorhabditis elegans (nematod)  is a good laboratory model to behavioral studies. In this publication, basic considerations for behavioral assays are very briefly examined. Both general considerations and admonitions relevant to C. elegans behavioral assays are included. Specific protocols for behavioral assays contributed by individual researchers follow this more general introduction.

Author: Hart, Anne C., ed. Behavior (July 3, 2006), WormBook, ed. The C. elegans Research Community, WormBook, doi/10.1895/wormbook.1.87.1, http://www.wormbook.org/

Measuring Caenorhabditis elegans Life Span in 96 Well Microtiter Plates

18 Juillet 2011,

Publié par JMB

Caenorhabditis elegans is one of the principle models used to study aging because of its excellent genetics and short lifespan of three weeks. More recently, C.elegans has emerged as a model organism for phenotype based drug screens because of its small size and its ability to grow in microtiter plates.

This publication and video  presented an assay to measure C.elegans lifespan in 96 well microtiter plates. The assay was developed and successfully used to screen large libraries for molecules that extend C.elegans lifespan.

Screening of EPA’s ToxCast libraries using a C. elegans growth assay

17 Juillet 2011,

Publié par JMB

En juin 2011 s'est tenu à l'Université de Californie (Los Angeles, USA)  le " 18th International C. elegans Meeting ". Parmi toutes les présentations, je soulignerai ce poster (voir ci-dessous le résumé) en lien avec le sujet que j'ai abordé dans un précédent article : ici. 
 
Screening of EPA’s ToxCast libraries using a C. elegans growth assay.
Windy A. Boyd1, Majro V. Smith2, Julie R. Rice1, Jonathan H. Freedman1,3. 1) Biomolecular Screening Branch, National Toxicology Program, RTP, NC; 2) SRA International, RTP, NC; 3) Laboratory of Toxicology and Pharmacology, NIEHS, RTP, NC.

Tox21, an intergovernmental toxicology community, is exploring the use of high-throughput in vitro tests and alternative model organisms to screen the toxicity of large numbers of chemicals to prioritize toxicity testing in traditional toxicological models. As part of this effort, the U.S. EPA compiled collections of chemicals known as the ToxCast Phase I and II libraries. The Phase I library contains 309 unique compounds, mainly pesticide active ingredients with well-characterized mammalian toxicities. The Phase II library contains 676 unique chemicals including failed drugs, food additives, and industrial products. Toxicity assays in 96-well plate format have been developed for C. elegans including reproduction, growth, and feeding using the COPAS Biosort. In the growth assay, the change in size from L1 - L4 is measured after 48-h exposures. The Phase I library was screened for effects on growth and development at seven concentrations. Chemical activity was evaluated using half-maximal effective concentrations (EC50s) and lowest effective concentrations (LECs). A total of 67 EC50s and 173 LECs were estimated. In order to rank chemical potency of all compounds, an activity score was devised based on decreased size at each concentration and steepness of negative concentration-response trends. Activity scores of 0 were classified as inactive, 1 as inconclusive, and 2 - 9 as active with chemical potencies increasing with score values. Overall, 64% of the chemicals were classified as active. The 67 EC50s were negatively related to activity scores, as a low EC50 and a high activity score both indicated toxicity. Furthermore, these same compounds had activity scores of at least 3, suggesting that the activity score is a good indicator of chemical potency. The most active compounds affected growth at all concentrations. These were primarily insecticides including several avermectins, compounds designed to control parasitic nematodes. Activity scores were also compared to mammalian endpoints including chronic, sub-chronic, cancer, developmental and reproductive toxicity in mice, rats, and rabbits. In general, the most active chemicals in the C. elegan.

Session Title: Physiology: Aging and stress (Poster)Program Number: 225A

More informations: The National Toxicology Program (NTP) WormTox

The Toxicology in the 21st Century (Tox21) : un robot pour évaluer la toxicité des substances chimiques

17 Juillet 2011,

Publié par JMB

Au sein de nos sociétés modernes, des dizaines de milliers de substances chimiques (molécules organiques, métaux, radionucléides, nanoparticules,...) sont actuellement en circulation et des centaines de nouvelles substances sont introduites chaque année. Elles font partie de notre quotidien : on peut les retrouver dans des produits ménagers, des désodorisants, des peintures, des déchets industriels, des pesticides, des aliments, et in fine  dans les sols, les cours d'eau, l'air,... Aussi surprenant que cela puisse paraitre, les risques de toxicité pour l'Homme et l'environnement n'ont été évalués que pour seulement 10 % de ces substances. De plus, il reste encore beaucoup à découvrir concernant l'évaluation de ces substances en mélange. En effet, il est par exemple connu qu'une substance puisse ne pas être - ou peu - toxique, mais par contre, en présence d'une autre substance, cette toxicité peut être démultipliée. Sachant qu'il existe des milliers de substances existantes, et des nouvelles chaque année, le nombre de combinaisons possibles - et donc d'effets toxiques potentiels-  est faramineux. Comment évaluer la toxicité de ces milliers de substances, en mélange ou non, pour l'Homme et l'environnement ? 

En 2005, aux USA, un programme de recherche,  "The Toxicology in the 21st Century", fut mis en place pour apporter des réponses à cette question. A ce jour,  quatre agences gouvernementales (the National Institute of Environmental Health Sciences, the Environmental Protection Agency,  the Food and Drug Administration, and the National Institutes of Health Chemical Genomics Center)  sont impliquées dans ce projet de recherche. Une des approches adoptée est le construction d'un robot automatisé pour tester la toxicité de milliers de substances très rapidement et à moindre coût. En simplifiant, le principe est le suivant : une infime quantité de substance est déposée dans des minuscules puits (ces puits constituent une plaque) où se trouve des cellules (par exemple des cellules de foie  humain, de poisson,...qui sont cultivées au laboratoire). Ces cellules peuvent être modifiées pour émettre une lumière fluorescente si la substance est toxique. Toutes ces plaques sont manipulées par un bras robotique. Tous le système est automatisé. Ainsi, il est possible de tester la toxicité de milliers de substances par jour. Par ailleurs, cette méthode évite d'utiliser des animaux vertébrés (poissons, rats, lapins, ....). A travers cette démarche, il est possible d'obtenir rapidement une première estimation de la toxicité des substances chimiques pour par la suite approfondir les investigations.

Voici une vidéo qui présente ce robot en action :


 

Pour en savoir plus : 

United State Environmental Protection Agency

The CompTox Program

Department of Health and Human Services

Petit à petit, l'araignée tisse sa toile...

10 Juillet 2011,

Publié par JMB

C'est l'été. Les araignés croisent nos pas et nos regards. Sachons les observer, et apprécions le génie de la vie. Je vous invite à découvrir à travers ce film d'animation comment une araignée tisse sa toile. N'est-ce pas extraordinaire ?

 

Tracking Cuckoos into Africa

5 Juillet 2011,

Publié par JMB

cuckoo-tracking-device.jpgThe 'Red Listed' Cuckoo is one of the UK's fastest declining migrants. Over 50% of the birds migrating between Europe and Africa have disappeared over the past 25 years.

In 2011, the British trust of ornithology (BTO)  is using small 5g satellite tags to track the movements of five Cuckoos from breeding grounds in East Anglia to their winter quarters in Africa. These have been fitted by BTO staff working with highly skilled volunteer ringers.

The next here

Photo: British Trust for Ornithology

Trois mois après, une analyse de la catastrophe nucléaire de Fukushima

30 Juin 2011,

Publié par JMB

Yves Marignac, directeur de Wise-Paris (Agence indépendante d’information, d’étude et de conseil sur le nucléaire et les politiques énergétiques) nous livre son analyse de la catastrophe nucléaire de Fukushima trois mois après l'accident. Interview réalisée le 6 juin 2011. Réalisation : Christian Buffet